El Molino del Zulema es un molino medieval transformado en fábrica de harinas entre s. XIX y XX, posteriormente habilitado para la generación de electricidad. Se encuentra junto al puente del Zulema,en la ahora llamada Isla de los Garcia.Con planta en forma de L, dispone de elementos anejos aún visibles: caz, balsa, esclusas...
De los cuatro molinos fluviales de Alcalá, este es el más antiguo documentado. Fue donado a finales del siglo XIV p a la cofradía de Santa María la Rica,. Las constantes reparaciones que provocaban las avenidas del río, mermando su rentabilidad, llevaron a esa cofradía a cederlo en censo perpetuo, en agosto de 1422. A través de los siglos cambió de manos varias veces; amplió y alteró su estructura.
A finales del s. XIX se transformó de molino en fábrica de harinas. También simultaneó (ya dentro del s. XX), la molienda con la generación de electricidad. Hasta que, a mediados de ese presente siglo, cesó en la actividad. Los tiempos habían cambiado y se estaban imponiendo las modernas fábricas de harina, movidas por electricidad, independientes de los fluctuantes cursos fluviales.
En alguna de sus últimas reformas se construyó, adosada a su fachada Este, ante los cárcavos, una balsa para acumulación de aguas; una manera de luchar contra la merma del caudal del río Henares en los meses del estío. Esta balsa lo convierte en el único molino de esta tipología presente en Alcalá.
Durante la contienda, como ocurriera con tantos otros edificios de Alcalá, el molino fue utilizado como improvisado alojamiento de tropas. Según documento del 26 de mayo de 1938, ante la solicitud de la autoridad militar, el Ayuntamiento responde que se estima en 350-375 hombres su capacidad. En este caso, como no podía ser de otra manera habida cuenta de la proximidad del río y el estratégico paso del puente medieval, fueron unidades de pontoneros los que llenaron sus muros (De Diego Pareja). Desconocemos los daños o alteraciones que por este motivo pudo sufrir el edificio. No obstante, retomó la actividad. Por lo que sabemos, en sus últimos años cambió (o alternó) la molienda de grano por la producción de energía eléctrica, al igual que el molino de La Esgaravita. De ello dan fe los actuales y escasos restos de maquinaria en su interior, dañados y a la intemperie.
Hasta fechas recientes mantenía en su interior parte de la maquinaria, aunque en pésimo estado, muy dañada y a la intemperie. En la actualidad, debido al estado de abandono en que se encuentra, a la falta de protección y vigilancia, ha desaparecido, expoliada, muy probablemente con destino en alguna chatarrería, vendida al peso..
Una vez perdida también la mayor parte de sus forjados, las paredes han quedado como lugar para realización de actos vandálicos y refugio de indigentes. Sus cada vez más escasas vigas de madera se usan para encender y alimentar fuego.
Nadie se responsabiliza de su mantenimiento o protección, mientras su destrucción avanza. Si bien es cierto que puede quedar poco de la obra original del siglo XIV —sigue pendiente una excavación y documentación rigurosas—, su papel en la historia de Alcalá, su valor como elemento insustituible de arqueología industrial, el entorno natural en el que se halla, lo harían merecedor de atención, protección y recuperación.
